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Les microbiotes, nos meilleurs alliés santé[1]

Pour ce 49e épisode de Sixième science, le podcast scientifique de Sciences et Avenir et 20 minutes vous dit tout sur les microbiotes.

Dites plutôt microbiotes - avec un « s » - que microbiote car... ils sont plusieurs : intestinal, pulmonaire, cutané, génital… En fait, ces mondes vivants et tous différents qui cohabitent au sein de notre organisme, tous constitués de milliards de bactéries, de champignons et de virus, jouent chacun un rôle fondamental en nous protégeant de nombreuses maladies.

Des bactéries qui nous veulent du bien. C'est le principe qui régit les microbiotes, ces petits mondes remplis de milliards de micro-organismes qu'hébergent notre peau, nos organes génitaux, mais aussi et surtout nos intestins. En plus d'évoluer en symbiose avec l'organisme hôte, ces compagnons de vie participent à sa protection contre toutes sortes d'attaques, bactéries pathogènes, virus... et forment ce qu'on appelle communément notre système immunitaire. Bien entendu, cette muraille n'est ni parfaite ni invulnérable. Une alimentation déséquilibrée, le stress, la maladie (dont le covid-19)... peuvent l'affaiblir. D'où l'importance d'en savoir le plus possible à son sujet pour en tirer le meilleur parti.

Nos deux invités du jour nous veulent aussi le plus grand bien. Journalistes au magazine Sciences et Avenir, Coralie Lemke et Hugo Jalinière cosignent un passionnant dossier consacré à l'immunité dans le numéro d'avril 2021. Ils échangent avec Romain Gouloumès de 20 minutes.

« Il y a dans l’intestin d’un seul être humain des milliers et des milliers de fois plus d’organismes vivants qu’il y a d’hommes sur la terre. Des milliards de microbes luttent pour leur survie. Certains d’entre eux sont bénéfiques, mais beaucoup d’autres néfastes. Quand les bénéfiques ont le dessus, et c’est presque toujours le cas, tout va bien. Et il est bien normal qu’ils aient le dessus parce qu’ainsi, ils conservent en bonne santé celui qui les fait vivre. »

R. G. - Vous en avez marre d’entendre parler des virus. Vous n’allez pas être déçu. Dans cet épisode, les microbes prennent le micro…biotes. Accrochez-vous, on va zoomer radiophoniquement sur les milliards de micro-organismes qui composent notre flore microbienne « perso ». Car le squat est intégral. Elles vivent sur notre corps, peuplent le coin des joues et ont élu domicile dans notre intestin et d’autres lieux bien plus intimes. Ensemble, ces bactéries forment nos microbiotes. Des petits mondes qui vivent et évoluent en même temps que nous, à l’intérieur de nous. Nous…nous… nous. En parlant de nous, qu’est-ce qu’on gagne au juste à jouer les hôtes ? En échange du gîte et du couvert, cette mafia microbienne forme notre système immunitaire, autrement dit notre première ligne de défense contre tout type d’agressions. Faillible, cette immunité est également fragile. Et le propriétaire du corps a tout intérêt à bichonner les meilleurs de ses locataires. La question à 1 000 000, on la connaît : comment ?

Tous les micros du studio ont été désinfectés pour accueillir la réponse des deux journalistes de la rédaction de Sciences et Avenir et leurs milliards de cochoncetés microscopiques.

Bonjour, comment vont vos microbiotes ?

H. J. et C. L. - Je crois que ça va, très équilibré. Rien à signaler. Tout va bien.

- Tout le monde est en condition ? Alors j’ai utilisé le mot clé. C’est celui de microbiote. Si j’ouvre un dictionnaire à la page microbiote, qu’est-ce que j’y trouve ?

- On va y trouver pas mal de mots, mais microbiote, c’est l’ensemble des micro-organismes qui ont peuplé un environnement particulier chez un hôte, que ce soit animal, mais aussi végétal. Donc c’est une espèce de petit éco-système qui est localisé. Chez nous, on en a dans l’intestin, sur la peau, la bouche, un peu partout. C’est l’ensemble des micro-organismes de toutes sortes qui peut s’y retrouver, qui vit en bonne harmonie avec nous, qui échange nutriments, métabolites…

- Comment se forme cette flore bactérienne, qui est l’autre nom du microbiote ?

- Il y a deux moments cruciaux. Le premier, c’est à la naissance, lors de l’accouchement par voie basse. Le bébé capte en fait les bactéries vaginales de sa mère, ça c’est vraiment prouvé. On voit d’ailleurs que chez les enfants nés par césarienne n’existe pas ce microbiote. Ils vont plutôt récupérer des bactéries de l’environnement hospitalier dans lequel ils sont. Ce déséquilibre, heureusement, se résorbe au fil des mois. Le deuxième moment très important, c’est après la diversification alimentaire qui se fait autour de 4 à 6 mois, donc au moment de l’introduction d’autres aliments que le lait, les céréales, la viande, les fruits et les légumes qui vont permettre au microbiote de se développer. D’ailleurs l’institut Pasteur a démontré que cette période de 4 à 6 mois est cruciale. Il faut vraiment le faire dans ce laps de temps-là pour avoir un microbiote optimal.

- Donc varier les aliments, et des fruits, des légumes, des viandes… ?

- Exactement. Et plus tard aussi d’ailleurs, puisqu’on sait que des colocataires ou des époux ont des microbiotes très similaires, plus que des frères et sœurs qui sont très proches génétiquement. Mais comme des personnes qui vivent ensemble mangent les mêmes choses, ils ont le même type de microbiote.

- Comment cet environnement, ce microbiote agit-il pour nous protéger ?

- C’est un peu compliqué, puisqu’on dit à quel moment il se forme, les deux périodes de la naissance et de la diversification alimentaire, mais il faut avoir bien en tête qu’il se façonne en continu tout au long de la vie. Donc il peut changer en fonction de l’environnement dans lequel on vit. Nous avons exploré les interactions avec l’immunité. L’immunité, c’est le système de défense de l’organisme. Il y a un exemple très simple pour voir comment des bactéries peuvent nous protéger, celles de la peau, un exemple très intéressant. Des bactéries commensales, c’est-à-dire des gentilles bactéries qui vivent avec nous, qui ne sont pas pathogènes, vont prendre la place sur la peau, occupent le terrain et empêchent en partie les bactéries potentiellement pathogènes de venir s’y fixer. Donc ça, c’est un système tout bête que tout le monde peut se représenter. Sur la peau, il y a une pellicule de particules qui sont là et qui ne veulent pas qu’on vienne les déranger. Après il y a les mécanismes qui sont plus complexes. Ça se passe dans l’intestin, c’est là qu’on a l’essentiel du microbiote, le plus gros du microbiote. C’est 2 kg sur la balance chez l’adulte, 10 000 milliards de bactéries sur chacun de nous. C’est énorme. Et donc il y a des interactions, un dialogue constant qui se fait entre les bactéries de notre intestin et les cellules de l’épithélium, la surface de notre intestin, et selon le type de bactéries qu’on va avoir, il y en a qui vont maintenir la barrière intestinale, empêcher que des bactéries pathogènes viennent se mettre ou passent dans la circulation sanguine. Elles font une espèce de barrage. Le problème, c’est qu’on ne sait pas précisément comment. On sait que c’est le cas et c’est très important, mais on ne sait pas quelle bactérie, en quelle proportion, va empêcher tel autre bactérie pathogène… C’est une terra incognita. On sait que c’est très important, mais à l’heure actuelle, les chercheurs cherchent beaucoup sur des souris et chez l’homme, on ne sait pas bien.

- Et pourquoi on ne va pas plus loin justement expérimenter du côté de l’homme et chercher en tout cas ?

- C’est compliqué chez l’homme, parce que pour expérimenter le microbiote, il faut le manipuler. On le fait très bien sur des souris, c’est-à-dire qu’on fait naître les souris dans des environnements stériles. Elles naissent, elles n’ont pas de microbiote, on peut leur mettre ce qu’on veut dedans. On peut décider de les coloniser avec tel type de bactérie ou tel autre. Chez l’homme, c’est plus compliqué. On ne peut pas décider de prendre Romain qui est en bonne santé et de lui dire : «  On va te faire une remise à zéro de ton microbiote pour refaire quelques expériences. »

« Mais il y a aussi des bactéries bénéfiques dont le corps a besoin. C’est par millions que celles-ci aident à digérer les aliments, à fabriquer des vitamines. Bien sûr, il ne faut jamais les attaquer. »

- Si on prend mon exemple, j’ai un bon microbiote. Comment reconnaît-on un bon microbiote qui assure justement bien ce rôle de défense ?

- Un bon microbiote, c’est avant tout un microbiote bien équilibré, varié, où il y a un peu de tout. Il faut s’imaginer que c’est un genre d’écosytème, où tout le monde a un peu sa place. Donc il n’y a pas de prolifération dans tous les sens. Un bon microbiote, c’est un microbiote stable avant tout.

- Avant de venir au studio, j’ai révisé mes meilleures publicités Actimel, Activia. Est-ce que le fait de manger, de changer son alimentation en étant adulte influe sur notre microbiote, sur sa composition ?

- Oui, ça c’est sûr. C’est ce que l’on disait avant. Le régime alimentaire a vraiment une influence là-dessus. On le voit bien dans les foyers qui ont des microbiotes semblables. Il y a quelques bons gestes, mais ce sont des conseils que vous avez entendu mille fois, ce sont toujours les mêmes : manger varié, ça permet de s’exposer à tout un tas de nutriments, d’avoir plein d’échanges variés ; faire du sport aussi, c’est prouvé que cela favorise un bon équilibre du microbiote.

- Et surtout le microbiote intestinal. C’est ça qui est le plus important ?

- C’est le plus étudié en tout cas. À l’heure actuelle, on peut dire que c’est le plus important, parce que c’est le plus étudié. Il est aussi très vaste, comme on le disait avant : 2 kg sur la balance. Peut-être qu’au fil des recherches, on va trouver des choses hyperintéressantes dans le microbiote vaginal,… Mais c’est la science qui nous le dira plus tard. Mais c’est vrai que l’intestin est majeur.

- Justement, si je veux augmenter mes défenses, est-ce que c’est sur celui-là qu’il faut que j’agisse ?

- Si tu veux augmenter tes défenses, agir sur le microbiote c’est compliqué. Agir sur les défenses immunitaires, aujourd’hui la science ne peut pas dire : « Mangez deux yaourts, tels yaourts par jour et votre microbiote sera mieux ». Pourquoi ? Parce qu’on ne connaît pas l’équilibre de départ de chaque personne. Chacun a son propre microbiote. C’est quelque chose qui est individualisé, même si on peut trouver des points communs en effet. Deux personnes qui vivent ensemble et vivent dans le même environnement mangent grosso modo la même chose. Elles ont un microbiote qui va être semblable. Mais un yaourt, c’est quand même un argument marketing. Si on n’aime pas le yaourt, ce n’est pas grave. On peut avoir un bon microbiote comme ça. S’il y a une chose qu’on peut relever, c’est l’apport en fibres quelque chose qui n’était pas forcément très connu il y a 10 ou 20 ans, mais on se rend compte que l’alimentation équilibrée, ça vaut pour tout, tout le temps : manger un peu de tout. Mais l’apport en fibres est important, et donc il y a des recommandations de 25-30 grammes de fibres par jour, qu’on va trouver dans les lentilles, les céréales complètes, etc.

- Quelles sont les causes de dégradation du microbiote ?

- Tout simplement déjà une alimentation qui n'est pas variée, parce que ça veut dire que le microbiote est toujours exposé aux mêmes aliments. À part l’hygiène de vie, ce sont les traitements antibiotiques, les forts traitements contre le cancer.

- Quand on ingère un antibiotique, il fait rarement la différence entre les bonnes et les mauvaises bactéries. Il rase tout, et donc c’est à nous de réinviter les bonnes bactéries dans notre organisme. C’est ça ?

- Après, les petits antibiotiques pour les otites ne créent pas d’aussi grands déséquilibres, mais ça y participe en tout cas. Des infections virales peuvent aussi créer des altérations du microbiote. Ç’a été observé sur le Covid.

- Est-ce que des aliments ont une action sur le microbiote ?

- C’est ce qu’on disait : manger équilibré. On sait que manger trop gras ou trop sucré va promouvoir des bactéries qui vont favoriser l’inflammation des tissus, donc l’inflammation intestinale. On peut en faire le constat quand on mange trop mal un jour, la digestion est plus difficile que si on a mangé crétois (ou méditerranéen). Il n’y a pas besoin de test pour vraiment le savoir.

 

[1] PODCAST. Sixième Science, épisode 49 : les microbiotes, nos meilleurs alliés santé, par Sylvie Riou-Milliot, publié le 27.04.2021 à 14h12 Sciences et Avenir, Découvrir.

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